Detección molecular de nematodos agalladores mediante LAMP
LoopSense™ Meloidogyne es una gama de kits moleculares isotérmicos diseñados para la detección cualitativa de nematodos agalladores pertenecientes al género Meloidogyne.
Los ensayos utilizan tecnología LAMP —Loop-mediated Isothermal Amplification— para detectar de forma específica las principales especies de Meloidogyne de importancia agronómica.
Cada ensayo incorpora reactivos específicos en formato liofilizado, reduciendo los pasos de preparación, la manipulación de reactivos y el riesgo de errores de pipeteo.
La amplificación se realiza a temperatura constante, sin necesidad de utilizar un termociclador convencional. Esto permite integrar el sistema en flujos de trabajo de laboratorio, invernadero, campo o puntos descentralizados de análisis mediante dispositivos isotérmicos compatibles.
Dianas disponibles
Panel LoopSense™ Meloidogyne
El panel está compuesto por siete ensayos independientes para la detección general de nematodos agalladores y la identificación de las principales especies de interés agrícola:
- LoopSense™ Meloidogyne spp. — detección general de nematodos agalladores o root-knot nematodes.
- LoopSense™ Meloidogyne incognita.
- LoopSense™ Meloidogyne javanica.
- LoopSense™ Meloidogyne hapla.
- LoopSense™ Meloidogyne chitwoodi.
- LoopSense™ Meloidogyne enterolobii.
- LoopSense™ Meloidogyne luci.
Cada objetivo se analiza mediante una reacción independiente, facilitando la diferenciación entre la detección general del género y la identificación de especies concretas.
Ensayos individuales
Las diferentes dianas también están disponibles como kits independientes:
- LoopSense™ Meloidogyne spp.
- LoopSense™ Meloidogyne incognita.
- LoopSense™ Meloidogyne javanica.
- LoopSense™ Meloidogyne hapla.
- LoopSense™ Meloidogyne chitwoodi.
- LoopSense™ Meloidogyne enterolobii.
- LoopSense™ Meloidogyne luci.
Características principales
- Tecnología de amplificación isotérmica LAMP.
- Detección cualitativa de ADN de Meloidogyne.
- Ensayo general para Meloidogyne spp.
- Ensayos específicos para las principales especies de importancia agronómica.
- Reactivos específicos en formato liofilizado.
- Preparación simplificada de la reacción.
- Amplificación a temperatura constante.
- Resultados en aproximadamente 30 minutos, según el protocolo, la concentración del objetivo y el equipo utilizado.
- Menor número de pasos manuales de pipeteo.
- Compatible con dispositivos isotérmicos adecuados.
- Posibilidad de lectura fluorescente o colorimétrica, según la referencia seleccionada.
- Disponible como panel completo o como ensayos individuales.
- Uso exclusivo para investigación.
Tecnología LAMP
La tecnología LAMP amplifica una región específica del ADN mediante un conjunto de primers y una polimerasa con actividad de desplazamiento de cadena.
A diferencia de la PCR convencional, la reacción se realiza a temperatura constante. Esto reduce la complejidad del equipamiento y permite utilizar dispositivos isotérmicos compactos.
Según la presentación seleccionada, los resultados pueden analizarse mediante:
- Lectura fluorescente en tiempo real.
- Lectura colorimétrica al final de la reacción.
La modalidad de lectura disponible depende de la formulación del producto y del equipo empleado.
Tipos de muestra
Los ensayos LoopSense™ Meloidogyne están destinados al análisis de ADN previamente extraído o liberado a partir de materiales como:
- Hembras adultas.
- Masas de huevos.
- Huevos.
- Juveniles de segundo estadio —J2—.
- Raíces con agallas.
- Tejido radicular infectado.
- Suspensiones de nematodos obtenidas a partir de suelo.
- Fracciones de suelo previamente procesadas.
- Otros materiales previamente verificados por el laboratorio.
El sistema de extracción de ADN no está incluido, salvo que se indique expresamente en la referencia comercial.
El procedimiento de preparación debe ser capaz de liberar ADN amplificable y reducir la presencia de inhibidores procedentes del suelo, las raíces, los restos orgánicos o los reactivos utilizados durante el aislamiento.
Flujo de trabajo
- Recogida y preparación de la muestra.
- Aislamiento de nematodos, huevos, masas de huevos o tejido radicular, cuando proceda.
- Extracción o liberación del ADN.
- Reconstitución de los reactivos liofilizados.
- Adición de la muestra a la reacción correspondiente.
- Incubación a la temperatura indicada en el IFU.
- Lectura fluorescente o colorimétrica.
- Comprobación del comportamiento de los controles.
- Interpretación del resultado.
Reactivos liofilizados
Los reactivos específicos se suministran en formato liofilizado para facilitar la preparación y mejorar la estandarización del flujo de trabajo.
Ventajas del formato liofilizado
- Reduce la preparación manual de mezclas.
- Disminuye el número de pasos de pipeteo.
- Reduce el riesgo de errores de preparación.
- Facilita el análisis de un número reducido de muestras.
- Permite utilizar tubos individuales sin desperdiciar una placa completa.
- Reduce los ciclos de congelación y descongelación.
- Facilita el almacenamiento y transporte del producto.
- Mejora la reproducibilidad entre ejecuciones.
Aplicaciones
LoopSense™ Meloidogyne puede utilizarse en:
- Investigación sobre nematodos agalladores.
- Detección general de Meloidogyne spp.
- Identificación molecular de especies de Meloidogyne.
- Análisis de muestras de suelo y raíz.
- Caracterización de poblaciones de nematodos.
- Monitorización fitosanitaria de parcelas.
- Programas de manejo integrado.
- Screening de plantas y parcelas agrícolas.
- Evaluación experimental de tratamientos nematicidas.
- Estudios de eficacia de medidas de manejo.
- Programas de mejora genética y selección varietal.
- Evaluación de resistencias frente a nematodos agalladores.
- Estudios epidemiológicos y de distribución geográfica.
- Programas de vigilancia de especies emergentes o reguladas.
Importancia de la identificación por especies
Las diferentes especies de Meloidogyne pueden variar en su rango de hospedadores, distribución, capacidad de reproducción y respuesta frente a genes de resistencia o medidas de control.
La diferenciación molecular puede resultar especialmente útil para:
- Seleccionar estrategias de manejo adaptadas a la especie presente.
- Interpretar fallos de resistencia varietal.
- Estudiar poblaciones mixtas.
- Realizar seguimiento de especies emergentes.
- Apoyar programas de investigación y mejora genética.
Controles del ensayo
Cada ejecución debe incorporar controles adecuados para comprobar el funcionamiento correcto de la reacción:
- Control positivo del objetivo.
- Control negativo de amplificación.
- Control negativo de extracción, cuando proceda.
- Control interno de extracción o amplificación, cuando esté incluido.
- Muestras objeto de análisis.
La ejecución únicamente debe considerarse válida cuando todos los controles cumplen los criterios establecidos en las instrucciones de uso.
Interpretación de resultados
La interpretación debe realizarse conforme al tipo de lectura seleccionado.
Lectura fluorescente
La presencia del objetivo se evalúa mediante la aparición de una curva de amplificación dentro de los criterios definidos por el laboratorio y el IFU.
Lectura colorimétrica
La presencia del objetivo se determina mediante el cambio de color especificado para la formulación utilizada.
La interpretación debe considerar:
- La amplificación correcta del control positivo.
- La ausencia de amplificación o cambio de color en el control negativo.
- El comportamiento del control interno, cuando se utilice.
- El tiempo de amplificación de la muestra.
- La intensidad y consistencia de la señal obtenida.
- La ausencia de señales inespecíficas o resultados dudosos.
Un resultado negativo no excluye completamente la presencia del nematodo cuando la muestra no es representativa, la concentración del objetivo es inferior al límite de detección o existen inhibidores de la amplificación.
Interpretación del panel
El ensayo general para Meloidogyne spp. permite comprobar la presencia de nematodos agalladores pertenecientes al grupo cubierto por el diseño.
Los ensayos específicos permiten identificar individualmente las especies incluidas en el panel.
Algunos ejemplos de interpretación son:
- Meloidogyne spp. positivo y una especie específica positiva: presencia compatible con la especie detectada.
- Meloidogyne spp. positivo y todos los ensayos específicos negativos: posible presencia de una especie no incluida en el panel, concentración insuficiente o necesidad de repetir y confirmar el análisis.
- Más de una especie específica positiva: posible población mixta, siempre que los controles y las curvas cumplan los criterios de aceptación.
- Ensayo general negativo y ensayo específico positivo: resultado discordante que debe repetirse y revisarse antes de interpretarse.
Los resultados discordantes o dudosos deben confirmarse mediante repetición, análisis de una nueva extracción o un método molecular complementario.
Equipos compatibles
LoopSense™ Meloidogyne puede utilizarse con dispositivos isotérmicos compatibles con las condiciones definidas en el IFU.
Para lectura fluorescente, el equipo debe permitir:
- Incubación estable a la temperatura de reacción.
- Adquisición periódica de fluorescencia.
- Visualización o exportación de curvas de amplificación.
- Uso de tubos y volúmenes compatibles con el producto.
Para lectura colorimétrica puede utilizarse un dispositivo isotérmico capaz de mantener de forma estable la temperatura requerida durante el tiempo establecido.
Presentación del producto
LoopSense™ Meloidogyne está disponible como:
- Panel con siete dianas independientes.
- Kit general para Meloidogyne spp.
- Kit individual para M. incognita.
- Kit individual para M. javanica.
- Kit individual para M. hapla.
- Kit individual para M. chitwoodi.
- Kit individual para M. enterolobii.
- Kit individual para M. luci.
- Formato de lectura fluorescente.
- Formato de lectura colorimétrica.
El número de reacciones, controles y componentes incluidos depende de la presentación seleccionada.
Consideraciones de uso
La calidad del resultado depende de la representatividad de la muestra, la eficacia de la extracción de ADN y la ausencia de inhibidores.
Antes de incorporar una nueva matriz al flujo de trabajo, el laboratorio debe verificar:
- El procedimiento de muestreo.
- El método de aislamiento de nematodos o masas de huevos.
- La eficacia de la extracción o liberación de ADN.
- La posible inhibición causada por suelo o tejido vegetal.
- La sensibilidad del ensayo en la matriz seleccionada.
- La capacidad de diferenciación entre especies relacionadas.
- El comportamiento del ensayo en poblaciones mixtas.
LoopSense™ Meloidogyne se comercializa exclusivamente para Research Use Only — RUO. No destinado a diagnóstico clínico humano.
Preguntas frecuentes
¿Qué detecta el ensayo LoopSense™ Meloidogyne spp.?
Está diseñado para detectar ADN de nematodos agalladores pertenecientes al género Meloidogyne cubiertos por el diseño del ensayo.
¿Qué especies incluye el panel?
El panel incluye ensayos independientes para Meloidogyne incognita, M. javanica, M. hapla, M. chitwoodi, M. enterolobii y M. luci, además del ensayo general para Meloidogyne spp.
¿Las siete dianas se analizan en el mismo tubo?
No. Cada objetivo se analiza mediante una reacción independiente para facilitar la identificación y la interpretación del resultado.
¿Puede analizarse directamente una muestra de suelo?
La muestra de suelo debe procesarse previamente mediante un procedimiento adecuado. Puede ser necesario aislar los nematodos o utilizar un método de extracción de ADN compatible con suelo y capaz de reducir los inhibidores.
¿Puede utilizarse una sola hembra?
El ensayo puede aplicarse a ADN procedente de una hembra individual cuando el procedimiento de preparación de la muestra haya sido verificado y produzca una cantidad suficiente de ADN amplificable.
¿El kit incluye la extracción de ADN?
No, salvo que la referencia comercial indique expresamente lo contrario. El ensayo se utiliza con ADN previamente extraído o con una preparación de muestra validada por el laboratorio.
¿Qué ocurre si el ensayo general es positivo y todas las especies son negativas?
El resultado puede indicar la presencia de una especie no incluida en el panel, una concentración baja, inhibición parcial o una discrepancia analítica. Debe repetirse el análisis y, cuando proceda, confirmarse mediante otro método.
¿Puede detectar poblaciones mixtas?
Es posible obtener más de un ensayo específico positivo cuando la muestra contiene varias especies. La interpretación debe realizarse únicamente cuando los controles y las curvas cumplen los criterios establecidos.
¿Cuánto dura el ensayo?
En condiciones optimizadas, la amplificación puede completarse en aproximadamente 30 minutos. La duración real depende de la preparación de la muestra, la concentración del objetivo, el equipo y el protocolo utilizado.
¿Puede utilizarse en campo?
Puede integrarse en flujos de trabajo descentralizados utilizando un dispositivo isotérmico compatible. La preparación y extracción de la muestra deben ser adecuadas para las condiciones de trabajo.
¿La lectura es colorimétrica o fluorescente?
LoopSense™ Meloidogyne puede estar disponible en formato colorimétrico o fluorescente, según la referencia seleccionada.
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