Detección molecular de Globodera pallida y Globodera rostochiensis mediante LAMP
LoopSense™ Globodera es una gama de kits moleculares isotérmicos diseñados para la detección cualitativa de nematodos quísticos de la patata pertenecientes al género Globodera.
Los ensayos utilizan tecnología LAMP —Loop-mediated Isothermal Amplification— para detectar de forma específica las principales especies de Globodera de importancia agrícola:
- Globodera pallida.
- Globodera rostochiensis.
Los reactivos específicos se suministran en formato liofilizado, reduciendo los pasos de preparación, la manipulación de reactivos y el riesgo de errores de pipeteo.
El formato isotérmico permite realizar la amplificación a temperatura constante, sin necesidad de utilizar un termociclador convencional.
Dianas disponibles
Panel LoopSense™ Globodera
El panel está compuesto por dos ensayos independientes para la identificación molecular de las principales especies de nematodos quísticos de la patata:
- LoopSense™ Globodera pallida.
- LoopSense™ Globodera rostochiensis.
Cada objetivo se analiza en una reacción independiente, lo que facilita la identificación de la especie detectada.
Ensayos individuales
Los objetivos también están disponibles como kits independientes:
- LoopSense™ Globodera pallida.
- LoopSense™ Globodera rostochiensis.
Características principales
- Tecnología de amplificación isotérmica LAMP.
- Detección cualitativa de ADN de Globodera.
- Ensayos específicos para G. pallida y G. rostochiensis.
- Reactivos específicos en formato liofilizado.
- Preparación simplificada de la reacción.
- Amplificación a temperatura constante.
- Resultados en aproximadamente 30 minutos, según el protocolo y el equipo utilizado.
- Menor número de pasos manuales de pipeteo.
- Compatible con dispositivos isotérmicos adecuados.
- Posibilidad de lectura colorimétrica o fluorescente, según la referencia seleccionada.
- Disponible como panel o como ensayos individuales.
- Uso exclusivo para investigación.
Tecnología LAMP
La tecnología LAMP amplifica una región específica del ADN mediante un conjunto de primers y una polimerasa con actividad de desplazamiento de cadena.
A diferencia de la PCR convencional, la reacción se realiza a temperatura constante. Esto simplifica el equipamiento necesario y permite utilizar dispositivos isotérmicos compactos.
El ensayo puede configurarse para:
- Lectura fluorescente en tiempo real.
- Lectura colorimétrica al final de la reacción.
La modalidad de lectura disponible depende de la presentación seleccionada y del equipo utilizado.
Tipos de muestra
Los ensayos LoopSense™ Globodera están destinados al análisis de ADN previamente extraído de materiales como:
- Quistes aislados.
- Huevos procedentes de quistes.
- Juveniles de segundo estadio.
- Raíces de plantas hospedadoras.
- Fracciones de suelo procesadas.
- Suspensiones obtenidas mediante métodos de extracción de nematodos.
- Otros materiales previamente verificados por el laboratorio.
El sistema de extracción de ADN no está incluido, salvo que se indique expresamente en la referencia comercial.
El procedimiento de preparación debe ser capaz de liberar ADN amplificable y reducir la presencia de inhibidores procedentes del suelo, las raíces o los restos orgánicos.
Flujo de trabajo
- Recogida y preparación de la muestra.
- Aislamiento de quistes, nematodos o material vegetal, cuando proceda.
- Extracción o liberación del ADN.
- Reconstitución de los reactivos liofilizados.
- Adición de la muestra a la reacción correspondiente.
- Incubación a la temperatura indicada en el IFU.
- Lectura fluorescente o colorimétrica.
- Validación de los controles.
- Interpretación del resultado.
Reactivos liofilizados
Los reactivos específicos se suministran en formato liofilizado para facilitar su preparación y mejorar la estandarización del flujo de trabajo.
Ventajas del formato liofilizado
- Reduce la preparación manual de mezclas.
- Disminuye el número de pasos de pipeteo.
- Reduce el riesgo de errores de preparación.
- Facilita el análisis de un número reducido de muestras.
- Evita desperdiciar una placa completa cuando se procesan pocas reacciones.
- Reduce los ciclos de congelación y descongelación.
- Facilita el almacenamiento y transporte del producto.
- Mejora la reproducibilidad entre ejecuciones.
Aplicaciones
LoopSense™ Globodera puede utilizarse en:
- Investigación sobre nematodos quísticos de la patata.
- Identificación molecular de G. pallida y G. rostochiensis.
- Análisis de muestras de suelo, raíces y quistes.
- Monitorización fitosanitaria de parcelas.
- Estudios de distribución de especies.
- Programas de vigilancia y cuarentena.
- Screening de parcelas agrícolas.
- Evaluación experimental de tratamientos nematicidas.
- Estudios de eficacia de medidas de manejo.
- Programas de mejora genética y selección varietal.
- Evaluación de resistencias frente a nematodos quísticos.
- Caracterización de poblaciones en proyectos de investigación.
Controles del ensayo
Cada ejecución debe incorporar los controles necesarios para comprobar el funcionamiento correcto de la reacción:
- Control positivo del objetivo.
- Control negativo de amplificación.
- Control negativo de extracción, cuando proceda.
- Control interno de amplificación o extracción, cuando esté incluido.
- Muestras objeto de análisis.
La ejecución únicamente debe considerarse válida cuando los controles cumplen los criterios establecidos en las instrucciones de uso.
Interpretación de resultados
La interpretación debe realizarse conforme al tipo de lectura seleccionado.
Lectura fluorescente
La presencia del objetivo se evalúa mediante la aparición de una curva de amplificación dentro de los criterios definidos por el laboratorio y el IFU.
Lectura colorimétrica
La presencia del objetivo se determina mediante el cambio de color especificado para la formulación utilizada.
La interpretación debe considerar:
- El comportamiento correcto del control positivo.
- La ausencia de amplificación o cambio de color en el control negativo.
- El comportamiento del control interno, cuando se utilice.
- El tiempo de amplificación de la muestra.
- La ausencia de señales inespecíficas o resultados dudosos.
Un resultado negativo no excluye completamente la presencia del nematodo cuando la muestra no es representativa, la concentración del objetivo es inferior al límite de detección o existen inhibidores de la amplificación.
Equipos compatibles
LoopSense™ Globodera puede utilizarse con dispositivos isotérmicos compatibles con las condiciones definidas en el IFU.
Para lectura fluorescente, el equipo debe permitir:
- Incubación estable a la temperatura de reacción.
- Adquisición periódica de fluorescencia.
- Visualización o exportación de las curvas de amplificación.
- Uso de tubos y volúmenes compatibles con el producto.
Para lectura colorimétrica puede utilizarse un dispositivo isotérmico que mantenga de forma estable la temperatura requerida durante el tiempo establecido.
Presentación del producto
LoopSense™ Globodera está disponible como:
- Panel de dos objetivos: G. pallida y G. rostochiensis.
- Kit individual para G. pallida.
- Kit individual para G. rostochiensis.
- Formato de lectura fluorescente.
- Formato de lectura colorimétrica.
El número de reacciones, controles y componentes incluidos depende de la presentación seleccionada.
Consideraciones de uso
La calidad del resultado depende de la representatividad de la muestra, la eficacia de la extracción de ADN y la ausencia de inhibidores.
Antes de incorporar una nueva matriz al flujo de trabajo, el laboratorio debe verificar:
- El procedimiento de muestreo.
- El método de aislamiento de quistes o nematodos.
- La eficacia de la extracción de ADN.
- La posible inhibición causada por suelo o tejido vegetal.
- La sensibilidad del ensayo en la matriz seleccionada.
- La correcta diferenciación entre las especies analizadas.
LoopSense™ Globodera se comercializa exclusivamente para Research Use Only — RUO. No destinado a diagnóstico clínico humano.
Preguntas frecuentes
¿Qué especies detecta el panel LoopSense™ Globodera?
El panel incluye dos reacciones independientes para detectar Globodera pallida y Globodera rostochiensis.
¿Los dos objetivos se analizan en el mismo tubo?
No. Cada especie se analiza mediante una reacción independiente para facilitar la identificación del objetivo detectado.
¿Puede analizarse directamente una muestra de suelo?
La muestra de suelo debe procesarse previamente mediante un procedimiento adecuado. Puede ser necesario aislar los quistes o utilizar un método de extracción de ADN compatible con suelo y capaz de reducir los inhibidores.
¿El kit incluye la extracción de ADN?
No, salvo que la referencia comercial indique expresamente lo contrario. El ensayo se utiliza con ADN previamente extraído o con una preparación de muestra validada por el laboratorio.
¿Qué diferencia existe entre G. pallida y G. rostochiensis?
Son especies diferentes de nematodos quísticos de la patata. Su diferenciación es relevante en estudios epidemiológicos, programas de vigilancia y evaluación de medidas de control.
¿Cuánto dura el ensayo?
En condiciones optimizadas, la amplificación puede completarse en aproximadamente 30 minutos. La duración real depende de la preparación de la muestra, la concentración del objetivo, el equipo y el protocolo utilizado.
¿Puede utilizarse en campo?
Puede integrarse en flujos de trabajo descentralizados utilizando un dispositivo isotérmico compatible. La preparación y extracción de la muestra deben ser adecuadas para las condiciones de trabajo.
¿La lectura es colorimétrica o fluorescente?
LoopSense™ Globodera puede estar disponible en formato colorimétrico o fluorescente, según la referencia seleccionada.
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