Kits qPCR y RT-qPCR para la detección de patógenos vegetales
LoopSense™ Q Plant Pathogens es una gama de kits moleculares liofilizados basada en tecnologías qPCR y RT-qPCR con sonda fluorescente, diseñada para la detección cualitativa, sensible y específica de patógenos vegetales.
La gama incluye ensayos dirigidos a virus, bacterias y otros microorganismos de interés fitosanitario en cultivos hortícolas, semillas, viveros, plantas madre y material vegetal de propagación.
Cada ensayo incorpora una formulación específica para el objetivo molecular correspondiente, reduciendo los pasos de preparación, la manipulación de reactivos y el riesgo de errores de pipeteo o contaminación.
El formato liofilizado facilita el almacenamiento y transporte y permite implementar flujos de análisis molecular más simples, estandarizados y reproducibles.
Tecnología qPCR y RT-qPCR
La tecnología utilizada depende de la naturaleza del patógeno analizado:
- qPCR: utilizada para la detección directa de objetivos de ADN, como bacterias y virus de ADN.
- One-Step RT-qPCR: utilizada para virus de RNA, integrando la retrotranscripción y la amplificación en una única reacción.
La detección se realiza mediante primers y una sonda fluorescente específicos para cada diana.
La señal correspondiente al objetivo se registra habitualmente en el canal FAM. Determinadas referencias pueden incorporar un control interno en un canal adicional, como HEX o VIC.
Dianas disponibles
La gama LoopSense™ Q Plant Pathogens incluye ensayos para diferentes patógenos vegetales.
Virus vegetales
- ToBRFV — Tomato brown rugose fruit virus.
- PepMV — Pepino mosaic virus.
- TSWV — Tomato spotted wilt virus.
- ToMMV — Tomato mottle mosaic virus.
- CGMMV — Cucumber green mottle mosaic virus.
- ToFBV / ToBFV — Tomato fruit blotch virus.
Bacterias fitopatógenas
- Cmm — Clavibacter michiganensis, denominación históricamente utilizada como Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis.
La disponibilidad de nuevas dianas, configuraciones multiplex y formatos especiales puede consultarse con Crilyo™.
Características principales
- Tecnología qPCR o One-Step RT-qPCR con sonda fluorescente.
- Detección cualitativa de patógenos vegetales.
- Reactivos específicos en formato liofilizado.
- Preparación simplificada de las reacciones.
- Menor número de pasos manuales de pipeteo.
- Reducción del riesgo de errores de preparación.
- Ensayos específicos para cada objetivo molecular.
- Compatible con termocicladores qPCR de plataforma abierta.
- Posibilidad de incorporar controles internos.
- Disponible en diferentes formatos de reacciones.
- Adecuado para muestras sintomáticas y aparentemente asintomáticas.
- Uso exclusivo para investigación.
Reactivos liofilizados
Los reactivos LoopSense™ Q se suministran en formato liofilizado y preparados para su reconstitución antes del análisis.
Ventajas del formato liofilizado
- Reduce la preparación manual de mezclas.
- Disminuye el número de pasos de pipeteo.
- Reduce el riesgo de contaminación entre reacciones.
- Facilita la estandarización entre muestras y ejecuciones.
- Permite procesar un número reducido de muestras.
- Evita desperdiciar una placa completa cuando se analizan pocos extractos.
- Reduce los ciclos de congelación y descongelación.
- Facilita el almacenamiento y transporte del producto.
- Mejora la organización de los reactivos en el laboratorio.
Las condiciones concretas de conservación deben consultarse en la etiqueta y en las instrucciones de uso de cada referencia.
Aplicaciones
Los ensayos LoopSense™ Q Plant Pathogens pueden utilizarse en:
- Investigación en patología vegetal.
- Detección molecular de virus y bacterias fitopatógenas.
- Monitorización fitosanitaria.
- Análisis de plantas con síntomas compatibles.
- Screening de plantas aparentemente asintomáticas.
- Control de plantas madre.
- Control de semilleros y viveros.
- Análisis de semillas y material de propagación.
- Evaluación de lotes de material vegetal.
- Programas internos de vigilancia de patógenos.
- Estudios epidemiológicos.
- Investigación sobre coinfecciones.
- Desarrollo y validación de métodos moleculares.
- Control de calidad en producción vegetal.
Tipos de muestra
Los kits están destinados al análisis de ADN o RNA previamente extraído de material vegetal.
Las matrices pueden incluir:
- Hojas jóvenes o maduras.
- Brotes.
- Pecíolos.
- Cotiledones.
- Plántulas.
- Tallos y tejido vascular.
- Raíces.
- Semillas.
- Plantas madre.
- Material de vivero.
- Material vegetal de propagación.
- Otros tejidos previamente evaluados por el laboratorio.
El procedimiento de muestreo debe adaptarse al patógeno, al cultivo y a la posible distribución irregular del objetivo dentro de la planta.
En plantas aparentemente asintomáticas puede resultar conveniente preparar muestras compuestas que incluyan tejido procedente de diferentes partes de la planta.
Preparación de las muestras
El ADN o RNA debe extraerse mediante un procedimiento compatible con qPCR o RT-qPCR.
La eficacia del análisis puede depender de:
- La representatividad de la muestra.
- La conservación del material vegetal.
- La eficacia de la homogeneización.
- La recuperación del ácido nucleico.
- La calidad y concentración del extracto.
- La ausencia de polisacáridos, polifenoles y otros inhibidores.
- La incorporación de controles adecuados.
El kit de extracción no está incluido, salvo que se indique expresamente en la referencia comercial.
Flujo de trabajo
- Recogida de la muestra vegetal.
- Homogeneización y preparación del tejido.
- Extracción de ADN o RNA.
- Reconstitución de los reactivos liofilizados.
- Adición del extracto a la reacción.
- Incorporación de los controles correspondientes.
- Configuración del programa de qPCR o RT-qPCR.
- Adquisición de fluorescencia en tiempo real.
- Validación del comportamiento de los controles.
- Interpretación de las curvas de amplificación y los valores de Cq.
Controles del ensayo
Cada ejecución debe incorporar controles adecuados para verificar el funcionamiento correcto del análisis:
- Control positivo del objetivo.
- Control negativo de amplificación.
- Control negativo de extracción, cuando proceda.
- Control interno de extracción o amplificación, cuando esté incluido.
- Muestras objeto de análisis.
La ejecución únicamente debe considerarse válida cuando los controles cumplen los criterios establecidos en las instrucciones de uso.
Interpretación de resultados
La presencia o ausencia del objetivo debe evaluarse mediante el análisis de las curvas de amplificación y la comparación con los controles del ensayo.
La interpretación debe considerar:
- La amplificación correcta del control positivo.
- La ausencia de señal específica en el control negativo.
- El comportamiento del control interno, cuando se utilice.
- La forma y consistencia de la curva de amplificación.
- El valor de Cq obtenido para la muestra.
- Los criterios de aceptación definidos por el laboratorio.
- Las instrucciones y límites establecidos en el IFU.
Un resultado negativo no excluye completamente la presencia del patógeno cuando la muestra no es representativa, la concentración del objetivo está por debajo del límite de detección, la extracción es insuficiente o existen inhibidores de la amplificación.
Equipos compatibles
Los kits LoopSense™ Q pueden utilizarse en termocicladores de PCR en tiempo real de plataforma abierta que sean compatibles con:
- El volumen de reacción indicado.
- El programa térmico del ensayo.
- El canal FAM para la detección del objetivo.
- El canal HEX o VIC cuando se utilice control interno.
- El tipo de tubo, tira o placa requerido.
- La etapa de retrotranscripción en los ensayos dirigidos a virus de RNA.
Antes de transferir el ensayo a un nuevo equipo debe verificarse la compatibilidad térmica, óptica y física de la plataforma.
Presentaciones disponibles
Los ensayos LoopSense™ Q Plant Pathogens pueden suministrarse en diferentes formatos y números de reacciones.
La configuración del producto puede incluir:
- Reactivos específicos liofilizados.
- Primers y sonda del objetivo.
- Control positivo.
- Control interno, según la referencia.
- Instrucciones de uso.
Los kits de extracción, los consumibles y los equipos de amplificación se suministran por separado, salvo que se indique expresamente lo contrario.
Conservación
Conservar los reactivos conforme a las condiciones indicadas en la etiqueta y en las instrucciones de uso.
Los productos deben protegerse de la humedad, la luz directa y las temperaturas elevadas durante periodos prolongados.
Una vez reconstituidos o abiertos, deben respetarse las condiciones y los tiempos de conservación establecidos para cada componente.
LoopSense™ Q Plant Pathogens se comercializa exclusivamente para Research Use Only — RUO. No destinado a diagnóstico clínico humano.
Preguntas frecuentes
¿Qué diferencia existe entre qPCR y RT-qPCR?
La qPCR detecta directamente objetivos de ADN. La RT-qPCR incorpora una etapa inicial de transcripción inversa para convertir el RNA en ADN complementario antes de la amplificación.
¿Qué patógenos necesitan RT-qPCR?
Los virus de RNA, como ToBRFV, PepMV, TSWV, ToMMV, CGMMV y ToFBV, requieren una etapa de retrotranscripción.
¿Cmm requiere retrotranscripción?
No. Clavibacter michiganensis es una bacteria y se detecta directamente mediante qPCR a partir de ADN.
¿Los kits incluyen extracción de ADN o RNA?
No, salvo que la referencia indique expresamente lo contrario. Los ensayos se utilizan con ácidos nucleicos previamente extraídos y purificados.
¿Pueden analizarse plantas sin síntomas?
Sí. La detección molecular puede aplicarse a plantas aparentemente asintomáticas, siempre que el muestreo sea representativo y la concentración del objetivo sea suficiente.
¿Qué canal utiliza la detección?
La señal correspondiente al objetivo se registra habitualmente en el canal FAM. El control interno, cuando esté incluido, puede analizarse en el canal HEX o VIC.
¿Puede utilizarse en cualquier termociclador?
Puede utilizarse en equipos qPCR de plataforma abierta compatibles con el programa térmico, los fluoróforos, el volumen de reacción y los consumibles indicados en el IFU.
¿Es un producto de diagnóstico oficial?
No. Los productos LoopSense™ Q Plant Pathogens están destinados exclusivamente a investigación — RUO. Las decisiones fitosanitarias oficiales deben basarse en la normativa y en los procedimientos establecidos por las autoridades competentes.
