Kits LAMP y RT-LAMP para la detección de patógenos vegetales
LoopSense™ Plant Pathogens es una gama de kits moleculares liofilizados basada en tecnologías LAMP y RT-LAMP, diseñada para la detección cualitativa, rápida y específica de patógenos vegetales.
La gama incluye ensayos dirigidos a virus, bacterias y otros microorganismos de interés fitosanitario en cultivos hortícolas, semillas, plantas madre, semilleros, viveros y material vegetal de propagación.
A diferencia de la PCR convencional, la tecnología LAMP realiza la amplificación molecular a temperatura constante. Esto simplifica el equipamiento necesario y permite integrar los ensayos en flujos de trabajo de laboratorio, invernadero, producción agrícola o puntos descentralizados de análisis.
Cada ensayo incorpora reactivos específicos en formato liofilizado, reduciendo la preparación manual, el número de pasos de pipeteo y el riesgo de errores o contaminación durante la preparación de las reacciones.
Tecnología LAMP y RT-LAMP
La tecnología empleada depende de la naturaleza del objetivo molecular:
- LAMP: utilizada para la detección directa de objetivos de ADN, como bacterias y otros organismos cuyo material genético diana es ADN.
- RT-LAMP: utilizada para virus de RNA, incorporando una etapa de transcripción inversa antes o durante la amplificación isotérmica.
La reacción se realiza a temperatura constante mediante una polimerasa con actividad de desplazamiento de cadena y un conjunto de primers específicos para cada objetivo.
Según la referencia seleccionada, el resultado puede analizarse mediante lectura fluorescente en tiempo real o mediante una lectura colorimétrica al final de la reacción.
Dianas disponibles
La gama LoopSense™ Plant Pathogens incluye ensayos para diferentes patógenos vegetales.
Virus vegetales
- ToBRFV — Tomato brown rugose fruit virus.
- PepMV — Pepino mosaic virus.
- TSWV — Tomato spotted wilt virus.
- ToMMV — Tomato mottle mosaic virus.
- CGMMV — Cucumber green mottle mosaic virus.
- ToFBV / ToBFV — Tomato fruit blotch virus.
Bacterias fitopatógenas
- Cmm — Clavibacter michiganensis, denominado históricamente Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis.
La disponibilidad de nuevas dianas, paneles y configuraciones personalizadas puede consultarse con Crilyo™.
Características principales
- Tecnología de amplificación isotérmica LAMP o RT-LAMP.
- Detección cualitativa de patógenos vegetales.
- Amplificación a temperatura constante.
- Reactivos específicos en formato liofilizado.
- Preparación simplificada de la reacción.
- Menor número de pasos manuales de pipeteo.
- Reducción del riesgo de errores de preparación.
- Ensayos específicos para cada objetivo molecular.
- Resultados en aproximadamente 30 minutos, según el ensayo y la concentración del objetivo.
- Compatible con dispositivos isotérmicos adecuados.
- Posibilidad de lectura fluorescente o colorimétrica.
- No requiere un termociclador convencional.
- Disponible en diferentes formatos de reacciones.
- Uso exclusivo para investigación.
Reactivos liofilizados
Los reactivos LoopSense™ se suministran en formato liofilizado y preparados para su reconstitución antes del análisis.
Ventajas del formato liofilizado
- Reduce la preparación manual de mezclas.
- Disminuye el número de pasos de pipeteo.
- Reduce el riesgo de errores de preparación.
- Facilita la estandarización entre muestras y ejecuciones.
- Permite procesar un número reducido de muestras.
- Evita utilizar una placa completa cuando se analizan pocos extractos.
- Reduce los ciclos de congelación y descongelación.
- Facilita el almacenamiento y transporte del producto.
- Mejora la organización de los reactivos en el laboratorio.
Las condiciones concretas de conservación deben consultarse en la etiqueta y en las instrucciones de uso de cada referencia.
Lectura fluorescente
En el formato fluorescente, el dispositivo isotérmico registra la señal generada durante la amplificación.
Este formato permite:
- Visualizar curvas de amplificación en tiempo real.
- Comparar el comportamiento de las muestras y los controles.
- Registrar el tiempo de positividad o parámetro equivalente.
- Exportar resultados cuando el equipo utilizado lo permita.
- Reducir la interpretación subjetiva del resultado final.
Lectura colorimétrica
En el formato colorimétrico, la presencia del objetivo se determina mediante el cambio de color especificado para la formulación utilizada.
Este formato puede resultar adecuado para flujos de trabajo sencillos y para dispositivos isotérmicos sin sistema óptico de fluorescencia.
La lectura debe realizarse dentro del intervalo de tiempo indicado en el IFU para evitar interpretaciones incorrectas asociadas a incubaciones excesivamente prolongadas.
Aplicaciones
Los ensayos LoopSense™ Plant Pathogens pueden utilizarse en:
- Investigación en patología vegetal.
- Detección molecular rápida de virus y bacterias fitopatógenas.
- Monitorización fitosanitaria.
- Análisis de plantas con síntomas compatibles.
- Screening de plantas aparentemente asintomáticas.
- Control de plantas madre.
- Control de semilleros y viveros.
- Análisis de lotes de material vegetal.
- Control de semillas y material de propagación.
- Programas internos de vigilancia de patógenos.
- Screening en invernadero.
- Estudios epidemiológicos.
- Investigación sobre coinfecciones.
- Desarrollo y validación de métodos moleculares.
- Análisis orientados a laboratorio básico o puntos descentralizados.
Tipos de muestra
Los kits están destinados al análisis de ADN o RNA previamente extraído o liberado a partir de material vegetal.
Las matrices pueden incluir:
- Hojas jóvenes y maduras.
- Brotes.
- Pecíolos.
- Cotiledones.
- Plántulas.
- Tallos y tejido vascular.
- Raíces.
- Semillas.
- Plantas madre.
- Material de vivero.
- Material vegetal de propagación.
- Otros tejidos previamente evaluados por el laboratorio.
El procedimiento de muestreo debe adaptarse al patógeno, al cultivo y a la distribución del objetivo dentro de la planta.
En el análisis de plantas aparentemente asintomáticas puede resultar conveniente preparar muestras compuestas con tejido procedente de diferentes partes de la planta.
Preparación de las muestras
El ADN o RNA debe obtenerse mediante un procedimiento compatible con LAMP o RT-LAMP.
La eficacia del análisis puede depender de:
- La representatividad de la muestra.
- La conservación del material vegetal.
- La eficacia de la homogeneización.
- La recuperación del ácido nucleico.
- La concentración del extracto.
- La ausencia de polisacáridos, polifenoles y otros inhibidores.
- La incorporación de controles adecuados.
El kit de extracción no está incluido, salvo que se indique expresamente en la referencia comercial.
Flujo de trabajo
- Recogida de la muestra vegetal.
- Homogeneización y preparación del tejido.
- Extracción o liberación de ADN o RNA.
- Reconstitución de los reactivos liofilizados.
- Adición del extracto a la reacción.
- Incorporación de los controles correspondientes.
- Incubación a la temperatura establecida en el IFU.
- Lectura fluorescente o colorimétrica.
- Validación del comportamiento de los controles.
- Interpretación del resultado.
Controles del ensayo
Cada ejecución debe incorporar controles adecuados para verificar el funcionamiento correcto del análisis:
- Control positivo del objetivo.
- Control negativo de amplificación.
- Control negativo de extracción, cuando proceda.
- Control interno de extracción o amplificación, cuando esté incluido.
- Muestras objeto de análisis.
La ejecución únicamente debe considerarse válida cuando todos los controles cumplen los criterios establecidos en las instrucciones de uso.
Interpretación de resultados
Formato fluorescente
La presencia del objetivo se evalúa mediante la aparición de una curva de amplificación dentro de los criterios definidos por el laboratorio y el IFU.
La interpretación debe considerar:
- La amplificación correcta del control positivo.
- La ausencia de señal en el control negativo.
- El comportamiento del control interno, cuando se utilice.
- La forma y consistencia de la curva de amplificación.
- El tiempo de positividad de la muestra.
- Los criterios de aceptación establecidos para el ensayo.
Formato colorimétrico
La presencia del objetivo se determina mediante el cambio de color definido para la formulación utilizada.
La interpretación debe considerar:
- El color final del control positivo.
- La ausencia de cambio de color en el control negativo.
- El tiempo total de incubación.
- La intensidad y homogeneidad del cambio observado.
- La ausencia de resultados intermedios o dudosos.
Un resultado negativo no excluye completamente la presencia del patógeno cuando la muestra no es representativa, la concentración del objetivo está por debajo del límite de detección, la extracción es insuficiente o existen inhibidores.
Equipos compatibles
Los kits LoopSense™ Plant Pathogens pueden utilizarse en dispositivos isotérmicos compatibles con las condiciones definidas en el IFU.
Para lectura fluorescente, el equipo debe permitir:
- Mantenimiento estable de la temperatura de reacción.
- Adquisición periódica de fluorescencia.
- Visualización o exportación de las curvas de amplificación.
- Uso de tubos y volúmenes compatibles con el producto.
Para lectura colorimétrica puede utilizarse un dispositivo isotérmico capaz de mantener de forma estable la temperatura requerida durante el tiempo establecido.
Presentaciones disponibles
Los ensayos LoopSense™ Plant Pathogens pueden suministrarse en diferentes formatos y números de reacciones.
La configuración comercial puede incluir:
- Reactivos específicos liofilizados.
- Primers específicos para la diana.
- Control positivo.
- Control interno, según la referencia.
- Instrucciones de uso.
- Formato fluorescente o colorimétrico.
Los kits de extracción, los consumibles y los dispositivos isotérmicos se suministran por separado, salvo que se indique expresamente lo contrario.
Conservación
Conservar los reactivos conforme a las condiciones indicadas en la etiqueta y en las instrucciones de uso.
Los productos deben protegerse de la humedad, la luz directa y las temperaturas elevadas durante periodos prolongados.
Una vez reconstituidos o abiertos, deben respetarse las condiciones y los tiempos de conservación establecidos para cada componente.
Ventajas frente a la PCR convencional
- Amplificación a temperatura constante.
- No requiere un termociclador convencional.
- Equipamiento más compacto.
- Protocolos rápidos.
- Posibilidad de lectura colorimétrica.
- Integración sencilla en flujos de trabajo descentralizados.
- Adecuado para procesar un número reducido de muestras.
- Reactivos liofilizados en tubos individuales.
LoopSense™ Plant Pathogens se comercializa exclusivamente para Research Use Only — RUO. No destinado a diagnóstico clínico humano.
Preguntas frecuentes
¿Qué diferencia existe entre LAMP y RT-LAMP?
LAMP amplifica directamente objetivos de ADN. RT-LAMP incorpora una etapa de transcripción inversa para convertir el RNA en ADN complementario antes o durante la amplificación isotérmica.
¿Qué patógenos necesitan RT-LAMP?
Los virus de RNA, como ToBRFV, PepMV, TSWV, ToMMV, CGMMV y ToFBV, requieren una etapa de transcripción inversa.
¿Cmm requiere retrotranscripción?
No. Clavibacter michiganensis es una bacteria y su ADN puede detectarse directamente mediante LAMP.
¿Los kits incluyen la extracción de ADN o RNA?
No, salvo que la referencia indique expresamente lo contrario. Los ensayos se utilizan con ácidos nucleicos previamente extraídos o con una preparación de muestra verificada por el laboratorio.
¿Cuánto dura la reacción?
En condiciones optimizadas, la amplificación puede completarse en aproximadamente 30 minutos. La duración real depende del objetivo, la concentración de la muestra, el equipo y el protocolo utilizado.
¿La lectura es fluorescente o colorimétrica?
Los ensayos pueden estar disponibles en formato fluorescente o colorimétrico, según la referencia seleccionada.
¿Puede utilizarse directamente en campo?
Puede integrarse en flujos de trabajo descentralizados mediante un dispositivo isotérmico compatible. La preparación de la muestra y las condiciones ambientales deben ser adecuadas para el protocolo.
¿Es necesario un termociclador?
No. La reacción se realiza a temperatura constante y puede utilizarse un dispositivo isotérmico compatible.
¿Pueden analizarse plantas sin síntomas?
Sí. La detección molecular puede aplicarse a material aparentemente asintomático, siempre que el muestreo sea representativo y la concentración del objetivo sea suficiente.
¿Es un producto de diagnóstico oficial?
No. Los productos LoopSense™ Plant Pathogens están destinados exclusivamente a investigación — RUO. Las decisiones fitosanitarias oficiales deben basarse en la normativa y en los procedimientos establecidos por las autoridades competentes.
